root権限で比較する場合のメリットとデメリットを考えてみましょう。
root権限を持つということになるのであれば、そのサーバーの責任者はユーザーとなります。
root権限がないのであれば、管理者はそのサーバーを提供している管理会社となります。
権限を持っているとサーバー内で使用するプログラム毎に使用するメモリ量なども指定でき、サーバー全体の負荷を考えていくらでも増やしたり減らしたりといったことができ、とても使いやすくなります。
またソフトウェアを入れたりOSから変えたりできるので設定がとても自由に行えます。
だけどサーバーがダウンしたりするのはよくあることで、root権限があるとダウンしたときには基本的にユーザーの責任となりトラブル解決を行わなければなりません。サーバーのハードが損傷したというのであればその業者が対応してくれますが、メンテナンスは自己責任となります。ですから、普段からこうしたことに注意しておかなければなりません。
サーバーのメンテナンスに時間をとられ、サイトなどのコンテンツに時間を割くことができなくなっては元も子もありませんね。
こうしたところを比較して専用サーバーといえどもroot権限の有無を比較してみてはいかがでしょうか。
